Azərbaycanda ərazinin relyefi, iqlimi, torpaq-bitki və geoloji şəraitindən, eləcə də onların qarşılıqlı əlaqələrindən asılı olaraq çay şəbəkələrinin inkişafında böyük dəyişikliklər baş verir. Respublikamızda mövcud olan çayların hamısı dünyanın ən böyük axmaz hövzələrindən biri olan Xəzər dənizi hövzəsinə mənsub olmaqla əsasən üç qrupda cəmləşmişdir: Kür çayının öz hövzəsinə mənsub olan çaylar (sol və sağ sahildən tökülən); Araz çayı hövzəsinə mənsub olan çaylar (sol sahildən tökülən); Bilavasitə Xəzər dənizinə tökülən çaylar. Sonuncu qrup çaylar öz coğrafi mövqeyinə görə bir neçə zonaya – (1) Şimal-şərqi Azərbaycanın çayları, (2) Abşeron-Qobustan sahəsinin çayları və (3) Lənkəran sahəsinin çaylarına bölünür. Kiçik Qafqaz dağlarının şimal, Böyük Qafqaz dağlarının cənub ətəklərindən axıb gələn çaylar Kür çayına, Kiçik Qafqaz dağlarının cənub ətəklərindən və Naxçıvan MR-in ərazisindən axıb gələn çaylar isə Araz çayına tökülür. Öz mənbələrini Böyük Qafqaz sıra dağlarının şimal-şərq ətəklərindən və Lənkəran dağlarından götürən çaylar isə Xəzər dənizinə tökülür. Respublika ərazisində irili-xırdalı çayların ümumi sayı 8359 olmaqla, onların əksəriyətinin, yəni 7861 çayın uzunluğu 10 km-dən, 327-sinin isə uzunluğu 25 km-dən azdır. Azərbaycan qədim suvarma əkinçiliyi diyarıdır. Suvarılan torpaqlar ölkənin kənd təsərrüfatına yararlı torpaq sahələrinin üçdə birini (1432,7 min hektar) təşkil etsə də, ölkədə istehsal olunan kənd təsərrüfatı məhsullarının 90-95 %-i bu torpaqlardan götürülür. Suvarılan torpaqların təxminən üçdə birindən çoxu (565 min hektarı) mexaniki üsulla, o cümlədən 349,4 min hektar elektrikləşdirilmiş, 68,2 min hektar dizel nasos stansiyaları ilə, 147,7 min hektarı isə subartezian quyuları vasitəsi ilə suvarılır. Arid zonada yerləşən Azərbaycanın su ehtiyatları olduqca məhduddur. Yerüstü su ehtiyatları 32,2 mlrd.m³ təşkil edir və quraqlıq illərdə 22,6 mlrd. m³-ə qədər azalır. Yeraltı suların miqdarı 5,2 mlrd. m³-dir. Respublikada orta illik su çatışmazlığı 4,5-5 mlrd. m³ arasında dəyişir. Yerüstü su ehtiyatlarının 70 faizi ölkə hüdudlarından kənarda formalaşır. Hazırda respublikada orta illik su çatışmamazlığı 3,7 km³, az sulu illərdə isə 4,75 km³ təşkil edir. Çaylardan ekoloji, energetika və digər məqsədlər üçün məcburi su buraxmalarını nəzərə alsaq, su çatışmazlığının miqdarı təsəvvür edilməz qiymətə malik olacaqdır. Son illər respublikamızda bütün su mənbələrində orta hesabla 10-14 mlrd.m³ su götürülür ki, onun 60-70%-i kənd təsərrüfatının, 20-25%-i sənayenin, qalan hissəsi isə təsərrüfat və içməli su tələbatının ödənilməsinə sərf edilir. Qlobal iqlim dəyişilmələri ilə əlaqədar dünyada, o cümlədən Azərbaycanda müşahidə olunan uzun sürən quraqlıqlar, son 2-3 ildə çaylarda baş verən sel və daşqınlar ölkə iqtisadiyyatına və əhalisinə xeyli ziyan vurmuşdur. Ümumi su tutumu 640 mln. m³ olan su anbarları təcavüzkar Ermənistan tərəfindən Azərbaycanın işğal edilmiş 20%ərazilərində qaldığı üçün onların sularından uzun illərdən bəri istifadə edilməsinin mümkün olmaması su qıtlığı sahəsində respublikada yaranan gərginliyi daha da dərinləşdirmişdir. Su çatışmazlığı ilə yanaşı, çayların, xüsusilə transsərhəd çaylarının sularının qonşu Ermənistan və Gürcüstan respublikalarının ərazisində çirklənməsi və keyfiyyətlərinin pisləşməsi ölkədə sosial-ekoloji gərginliyi gücləndirən əsas amildir. Bir çox illərdir ki, bu dövlətlərin ərazisindən axan Kür, Araz, Oxçuçay və digər transsərhəd çayları yüksək dərəcədə çirklənmiş halda Azərbaycan ərazisinə daxil olur. Hətta Ermənistandan axan Oxçuçay kritik dərəcədə çirkləndiyinə görə ölü çay adlanır.